中国高校从隶属关系上讲分为两大类：中央部委直属高校和地方所属高校。
中央部属高校是指国务院组成部门及其直属机构在全国范围内直属管理一批高等院校。目前，全国共有中央部委直属高校一百多所，其中，教育部直属管理所占比例最大，数量达到82所（含分校），这些高校的共同特点就是实力较强、学科特色鲜明，其中36所是“985”高校，82所全都是“211”高校。比如“北京大学、清华大学、天津大学、四川大学、复旦大学、河海大学等老牌重点大学都属于教育部直属。
教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。之所以这些高校由教育部直属管理，是为了发挥这些大学在高等教育改革、教学、科研等方面的垂范作用。因此，教育部直属高校在师资力量、办学能力、经费支持、国际交流合作等等方面的优势是要大于一般高校。
其他部委直属高校经过调整，数量不是太多，共有45所。有些是“985”高校，如北京理工大学属于工业和信息化部，中国科技大学属于中国科学院；有些是“211”高校，如大连海事大学属于交通部；有些属于一般院校，如北京电子科技学院属于中央办公厅，中南民族大学属于国家民族事务委员会，上海海关学院属于海关总署。所以，这些中央部属高校总体而言是中国高校中的精英，他们得到的资源较多，发展较快，一般都是师资力量强、教学条件一流、就业率高、发展前景好。
地方所属高校通常叫省属高校，是指隶属各省、自治区、直辖市、港澳特区，大多数靠地方财政供养，共有2500多所。作为中国高等教育体系的主体部分，这些高校以服务区域经济社会发展为目标，着力为地方培养高素质人才。比如上海大学、苏州大学、郑州大学、广州大学、深圳大学、长江大学、成都理工大学、绵阳师范学院。这些地方大学中，有些界定有比较模糊，比如成都理工大学由四川省人民政府和自然资源部、成都市人民政府共建，长春理工大学由吉林省人民政府与国家国防科技工业局共建。所以，地方高校又分三种模式：省属国家“211工程”重点大学、“省部共建大学”、地方性直属高校。
各级政府越来越明白一个道理，优质高等教育资源是推动地方发展的软实力，是一个省的金字招牌，所以，省级政府越来越重视区域内高校的发展。部分省份经济发达，财力充分，为做强区域高等教育，大力支持省属高校，积极争取相关中央部委的资金和资源支持，推动自己的快速发展甚至是上升为国家发展战略。于是在北京、上海、江苏、湖北等教育资源雄厚的省市，以及中西部国家重点开发地区，涌现出一批与中央部属高校并驾齐驱的省属国家“211工程”重点建设高水平大学。
因教育体制改革，很多中央部委所属行业院校转为省属院校。因为毕竟有着千丝万缕的联系，很多省份为了做强地方高等教育，大力支持省属高校依靠自身特色积极争取相关国家部委的资金和资源支持，就形成了“省部共建高校”。如前面说到的成都理工大学由四川省人民政府和自然资源部、成都市人民政府共建，长春理工大学由吉林省人民政府与国家国防科技工业局共建就属这类情况。这类高校多数是办学历史悠久，实力比较强劲的高校。
地方性直属高校是隶属于各省省委直属管理的高校，以地方上管理、省政府投资建设为主，由于各地经济发展水平不一样，各地的财政支持力度差异很大，就在本省市内而言，由于政府要重点建设省属国家“211工程”重点大学、“省部共建大学”，所以大多数省属高校得到的财政支持较少，其发展受到了一定的限制，很多地方性直属高校可以说只是勉强维持而已。
| 教育部直属高校（75所） | |||
| 所在地 | 大学名 | 所在地 | 大学名 |
|---|---|---|---|
| 北京市 | 北京大学 | 上海市 | 上海财经大学 |
| 中国人民大学 | 江苏省 | 南京大学 | |
| 清华大学 | 东南大学 | ||
| 北京科技大学 | 中国矿业大学 | ||
| 北京化工大学 | 河海大学 | ||
| 北京师范大学 | 江南大学 | ||
| 北京外国语大学 | 南京农业大学 | ||
| 北京言语大学 | 中国药科大学 | ||
| 北京交通大学 | 安徽省 | 合肥工业大学 | |
| 北京邮电大学 | 浙江省 | 浙江大学 | |
| 中国农业大学 | 福建省 | 厦门大学 | |
| 北京林业大学 | 山东省 | 山东大学 | |
| 中国传媒大学 | 中国海洋大学 | ||
| 中央财经大学 | 中国石油大学（华东） | ||
| 中国政法大学 | 湖北省 | 武汉大学 | |
| 中央音乐学院 | 华中科技大学 | ||
| 中央戏剧学院 | 中国地质大学（武汉） | ||
| 中央美术学院 | 武汉理工大学 | ||
| 北京中医药大学 | 华中师范大学 | ||
| 対外经济贸易大学 | 华中农业大学 | ||
| 华北电力大学 | 中南财经政法大学 | ||
| 中国地质大学（北京） | 湖南省 | 中南大学 | |
| 中国矿业大学（北京） | 湖南大学 | ||
| 中国石油大学（北京） | 广东省 | 中山大学 | |
| 天津市 | 南开大学 | 华南理工大学 | |
| 天津大学 | 四川省 | 四川大学 | |
| 辽宁省 | 大连理工大学 | 西南财经大学 | |
| 东北大学 | 西南交通大学 | ||
| 吉林省 | 吉林大学 | 电子科技大学 | |
| 东北师范大学 | 重庆市 | 重庆大学 | |
| 黒龙江省 | 东北林业大学 | 西南大学 | |
| 上海市 | 复旦大学 | 陕西省 | 西安交通大学 |
| 上海交通大学 | 西北农林科技大学 | ||
| 同济大学 | 陕西师范大学 | ||
| 华东理工大学 | 西安电子科技大学 | ||
| 东华大学 | 长安大学 | ||
| 华东师范大学 | 甘肃省 | 兰州大学 | |
| 上海外国语大学 | |||
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